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- [Markdown + R](https://www.bookstack.cn/read/markdown-simple-world/5.md#Markdown%20+%20R) - [科技写作与Markdown+R](https://www.bookstack.cn/read/markdown-simple-world/5.md#%E7%A7%91%E6%8A%80%E5%86%99%E4%BD%9C%E4%B8%8EMarkdown+R) - [科技写作会碰到什么难题?](https://www.bookstack.cn/read/markdown-simple-world/5.md#%E7%A7%91%E6%8A%80%E5%86%99%E4%BD%9C%E4%BC%9A%E7%A2%B0%E5%88%B0%E4%BB%80%E4%B9%88%E9%9A%BE%E9%A2%98%EF%BC%9F) - [Markdown+R如何解决的?](https://www.bookstack.cn/read/markdown-simple-world/5.md#Markdown+R%E5%A6%82%E4%BD%95%E8%A7%A3%E5%86%B3%E7%9A%84%EF%BC%9F) - [Rmd 简介](https://www.bookstack.cn/read/markdown-simple-world/5.md#Rmd%20%E7%AE%80%E4%BB%8B) - [安装并配置RStudio](https://www.bookstack.cn/read/markdown-simple-world/5.md#%E5%AE%89%E8%A3%85%E5%B9%B6%E9%85%8D%E7%BD%AERStudio) - [新建Rmd文档](https://www.bookstack.cn/read/markdown-simple-world/5.md#%E6%96%B0%E5%BB%BARmd%E6%96%87%E6%A1%A3) - [这么做,有什么好处呢?](https://www.bookstack.cn/read/markdown-simple-world/5.md#%E8%BF%99%E4%B9%88%E5%81%9A%EF%BC%8C%E6%9C%89%E4%BB%80%E4%B9%88%E5%A5%BD%E5%A4%84%E5%91%A2%EF%BC%9F) - [真正意义上的可重复性研究](https://www.bookstack.cn/read/markdown-simple-world/5.md#%E7%9C%9F%E6%AD%A3%E6%84%8F%E4%B9%89%E4%B8%8A%E7%9A%84%E5%8F%AF%E9%87%8D%E5%A4%8D%E6%80%A7%E7%A0%94%E7%A9%B6) - [更强大的数学与制图能力](https://www.bookstack.cn/read/markdown-simple-world/5.md#%E6%9B%B4%E5%BC%BA%E5%A4%A7%E7%9A%84%E6%95%B0%E5%AD%A6%E4%B8%8E%E5%88%B6%E5%9B%BE%E8%83%BD%E5%8A%9B) - [当然,还有云计算](https://www.bookstack.cn/read/markdown-simple-world/5.md#%E5%BD%93%E7%84%B6%EF%BC%8C%E8%BF%98%E6%9C%89%E4%BA%91%E8%AE%A1%E7%AE%97) - [Markdown格式与LaTeX、Word等格式的互转](https://www.bookstack.cn/read/markdown-simple-world/5.md#Markdown%E6%A0%BC%E5%BC%8F%E4%B8%8ELaTeX%E3%80%81Word%E7%AD%89%E6%A0%BC%E5%BC%8F%E7%9A%84%E4%BA%92%E8%BD%AC) - [如何学习Markdown+R?](https://www.bookstack.cn/read/markdown-simple-world/5.md#%E5%A6%82%E4%BD%95%E5%AD%A6%E4%B9%A0Markdown+R%EF%BC%9F) - [Markdown格式说明](https://www.bookstack.cn/read/markdown-simple-world/5.md#Markdown%E6%A0%BC%E5%BC%8F%E8%AF%B4%E6%98%8E) - [Markdown编辑器](https://www.bookstack.cn/read/markdown-simple-world/5.md#Markdown%E7%BC%96%E8%BE%91%E5%99%A8) - [Windows下的GitHub特别说明](https://www.bookstack.cn/read/markdown-simple-world/5.md#Windows%E4%B8%8B%E7%9A%84GitHub%E7%89%B9%E5%88%AB%E8%AF%B4%E6%98%8E) - [如何学习R](https://www.bookstack.cn/read/markdown-simple-world/5.md#%E5%A6%82%E4%BD%95%E5%AD%A6%E4%B9%A0R) - [Rstudio](https://www.bookstack.cn/read/markdown-simple-world/5.md#Rstudio) - [R语言入门读物](https://www.bookstack.cn/read/markdown-simple-world/5.md#R%E8%AF%AD%E8%A8%80%E5%85%A5%E9%97%A8%E8%AF%BB%E7%89%A9) - [示范](https://www.bookstack.cn/read/markdown-simple-world/5.md#%E7%A4%BA%E8%8C%83) - [文艺青年](https://www.bookstack.cn/read/markdown-simple-world/5.md#%E6%96%87%E8%89%BA%E9%9D%92%E5%B9%B4) - [科学青年](https://www.bookstack.cn/read/markdown-simple-world/5.md#%E7%A7%91%E5%AD%A6%E9%9D%92%E5%B9%B4) - [技术青年](https://www.bookstack.cn/read/markdown-simple-world/5.md#%E6%8A%80%E6%9C%AF%E9%9D%92%E5%B9%B4) # Markdown + R 来源:[Markdown写作浅谈](http://www.yangzhiping.com/tech/r-markdown-knitr.html) ## 科技写作与Markdown+R ### 科技写作会碰到什么难题? 如果你是纯文科生,写的都是豆瓣小酸文或者诗歌之类的,那么,看完上面这一部分就可以打住了。如果你还有写科技论文的需要,则继续往下看。 科技写作与文艺写作的不同主要有: - 公式与图表:相信各位写过科学论文的,都会为数学公式与各类图表的输出头疼不已; - 格式转换:pdf是通用的,但是有时偏偏需要LaTeX原始格式或者Word原始格式; - 参考文献:投稿给不同刊物,往往参考文献要根据对方的格式来调整。 解决这些难题,[LaTeX](http://en.wikipedia.org/wiki/LaTeX)是国际科学界,尤其是偏数理类的学科的主流方案之一。当然,因为中国盗版office的流行,导致国内科技论文Word更盛行,则是另一码事。Word因为近些年在参考文献协作软件、数学公式方面的发力,也逐步成为科技界认同的论文投递标准之一。 提到LaTeX的人们,常常有两种口气。一种是当做大神来敬仰的,当语言、软件变为传奇,路人皆知它的诞生历史时,于是,众多如你我这类文科生,只有抬头仰望的份了。另一类,则是不屑的口气,LaTeX那么好学,你怎么都学不会!国际期刊都是用这个写的,你别混了。。。 于是,我等文科生只好在被鄙视的眼光之下,快快走过LaTeX。。。但是,LaTeX真的符合人们写作习惯吗?请记住当时的历史。那时的计算机,所见即所得,并不像今天这么流行。那时的计算机,处理能力也不像今天这么强大。更别提什么脚本语言了。翻出上一份LaTeX文档所用的APA模版,大家就知道它有多么坑爹了。。。  使用Lyx,好看多了。问题是,它有坑吗?你跳过吗? ## Markdown+R如何解决的? 每位试图解决LaTeX的不便,又试图保留它的优点的人们,都走上了一条不归路。 直到有一天,极其熟悉LaTeX,也熟悉Markdown的yihui同学,意识到了,LaTeX它可以作为最终格式生成。但是,我们中间的写作过程,完全可以用Markdown这么简单明了的语法来写,我们真正需要的,就是一堆数学公式、图表与参考文献而已。前2者,恰恰是R的强项。后者,则留给开源社区,下一步解决。(可参考[线索1](http://johnmacfarlane.net/pandoc/README.html#reference-links)、[线索2](https://github.com/inukshuk/citeproc-ruby)、[线索 3](https://github.com/inukshuk/jekyll-scholar) ) 于是,在他的新作R包[knitr](http://yihui.name/knitr/)中,果断提供了Markdown支持。并说服R社区主流编辑器厂家,开源软件[RStudio](http://www.rstudio.com/) 提供 Markdown支持,从而使得Rmd这种新格式开始流行。我们有幸看到这个重要格式的诞生,国人的贡献如此重要。 ## Rmd 简介 Rmd 格式更详细的描述,读 yihui 的文档:[自动化报告](https://github.com/yihui/r-ninja/blob/master/11-auto-report.md) 在这里,让我简单说明,如何最快上手Rmd格式。 ### 安装并配置RStudio 下载 [RStudio](http://rstudio.org/) 之后,打开配置选项,如下图所示:  然后,进行如下配置:  ### 新建Rmd文档 新建一个Rmd文档,如下图所示:  然后,默认会出来一些内容。如果你对Markdown语法有不熟悉的地方,点击MD按钮。写完之后,直接点击: **Knit HTML** 按钮即可发布。MD按钮与Knit Html按钮的位置如下图所示:  就会预览成功。你也可以点击保存,生成相应的图片、Markdown文档。 是的,你要的一切图片都有了!这就是 yihui 所推崇的 文学性编程、[可重复研究](http://biostat.mc.vanderbilt.edu/wiki/pub/Main/UseR-2012/InvitedXieAllaire.pdf)概念的神奇。 更重要的是,还保留了对LaTeX的无缝兼容。比如,大家可以敲下这段文字:  其中,这一段, 1. `$$latex` 2. `f(x;\mu,\sigma^2) = \frac{1}{\sigma\sqrt{2\pi}} e^{ -\frac{1}{2}\left(\frac{x-\mu}{\sigma}\right)^2 }` 3. `$$` 就是直接生成LaTeX格式的数学公式! 没有安装RStudio,或者不熟悉R的朋友,可以在我搭建的一个在线演示APP里面,将上述代码,粘贴上去,然后看看神奇的效果! 网址是:[R Markdown App](http://r.psyapp.com/apps/markdown/) 效果如下图所示:  ## 这么做,有什么好处呢? 让我细数一下: ### 真正意义上的可重复性研究 发表论文或者审核同事的报告,有个最麻烦的事情,你不知道他的步骤或者计算是否有误。现在,代码嵌在报告正文中,或者附录在报告末尾。而你,要做的,仅仅是一键生成。。。 这就是真正意义上的可重复性研究! ### 更强大的数学与制图能力 既兼容了LaTeX的既有能力,同时,又广泛借助于R自身强大的作图与统计学习能力。 更重要的是,未来,并不是非要用R语言作图。yihui 同学在前文中的描述已经极其清楚了。 ### 当然,还有云计算 真正意义上的云计算,尤其是类似于我们这样,中小企业、小型实验室实战使用的小型云计算,不同于各类忽悠的云计算。Markdown+R这种方式是最佳方式之一。上述例子中提到的那个APP,就是搭建在云中。同时提供各类REST接口,可以被Ruby程序调用。 ## Markdown格式与LaTeX、Word等格式的互转 点这里:[Pandoc](http://johnmacfarlane.net/pandoc/) 还有不少有趣的玩法,如[Building a beamer presentation with knitr](https://gist.github.com/2955183). ## 如何学习Markdown+R? 好了,回到大家最关心的部分。分成两部分,先是如何学习Markdown,其次是如何学习R。 ### Markdown格式说明 - 参考:[Markdown](http://markdown.tw/) - 更好的学习办法是直接读各类范本文件 - 更多资源参考[V2ex节点](http://v2ex.com/go/markdown) ### Markdown编辑器 - Mac等平台下推荐[Mou](http://mouapp.com/) - Windows平台推荐[MarkdownPad](http://markdownpad.com/) RStudio可作为写作科技论文与R语言编辑器选择,它是跨平台的 - [markdown-here](https://github.com/adam-p/markdown-here)借助Chrome插件,将gmai写作窗口变为Markdown在线写作窗口 - 可以直接在线通过github撰写与提交Markdown文件,github有自动的版本跟踪功能,不用担心写废与找不到以前写的 ## Windows下的GitHub特别说明 - 如果碰到git、github等与windows不兼容的现象,不建议折腾,而是直接在线提交即可。 - GitHub最近发行了Windows版本,下载地址[在这里](https://github.com/blog/1127-github-for-windows) - 我的老文:[如何高效利用github](http://www.yangzhiping.com/tech/github.html) ## 如何学习R ### Rstudio - Getting\_Started\_with\_RStudio.pdf ### R语言入门读物 - R for SAS and SPSS Users.pdf : 适合有SPSS基础的朋友 - Analysis of Questionnaire Data with R : 适合处理问卷数据的文科生或社会科学类 - 更多参考我的豆列:[技术派心理学](http://book.douban.com/doulist/1222833/) ## 示范 ### 文艺青年 文艺青年看这里, - [為什麼文科生也該用markdown寫作?](http://www.douban.com/note/221187015/) - [为什么作家应该用 Markdown 保存自己的文稿](http://jianshu.io/p/qqGjLN) ### 科学青年 可以看这里:[如何学习科学:开放科学工具箱](https://github.com/ouyangzhiping/openscience/blob/master/README.md) 点击 RAW 即可看到原始格式。这是一个长文档的示范。另一个示范是作者写的一个在线DEMO: [云中的社会网络分析+Markdown](http://r.psyapp.com/apps/markdown/) 以及:[Markdown+R科技文写作](http://panda0411.com/2012/06/22/markdownr%E7%A7%91%E6%8A%80%E6%96%87%E5%86%99%E4%BD%9C/) ### 技术青年 - [knitr](http://yihui.name/knitr/)以及各类Google、维基百科。 - 特别是:[pandoc-markdown](http://johnmacfarlane.net/pandoc/README.html#pandocs-markdown) - [Primarily Pandoc: Writing in Markdown instead of LaTeX](http://www.charlietanksley.net/philtex/primarily-pandoc/)
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May 23, 2021, 12:16 a.m.
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